9ο εξάμηνο


Μάθημα: Βιοπληροφορική



Κωδικός Μαθήματος: Υ9
Επίπεδο Μαθήματος: Προπτυχιακό
Είδος Μαθήματος: Επιλογής
Εξάμηνο: 9
Κατεύθυνση: Κατεύθυνση Υπολογιστών και Ηλεκτρονικής
Ομάδα: Κατ' επιλογή υποχρεωτικό
Διδακτικές Μονάδες: 5
Ώρες διδασκαλίας: 4
Ιστοσελίδα: eclass.uowm.gr/courses/ICTE162/
Γλώσσα διδασκαλίας:Ελληνική
Περιεχόμενο:

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες βιολογίας. Βιολογικά μακρομόρια DNA και RNA. Δομικά στοιχεία πρωτεΐνών. Βιολογικές βάσεις δεδομένων. Πίνακες αντικατάστασης. Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη. Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών. Πρότυπα και μοτίβα στις αλληλουχίες των βιολογικών μακρομορίων. Βασικές αρχές εξέλιξης. Φυλογενετική ανάλυση. Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων με τους αλγόριθμους UPMGA, Fitch-Margoliash & Neighbor-joining. Μικροσυστοιχίες DNA. Οι ευρετικοί αλγόριθμοι FASTA & BLAST. Ιατρική πληροφορική και Βιοπληροφορική.

Αναμενόμενα μαθησιακά αποτελέσματα:

O στόχος της Βιοπληροφορικής είναι η εφαρμογή της τεχνολογίας υπολογιστών στη διαχείριση και την ανάλυση των βιολογικών στοιχείων. Ειδικότερα, ο στόχος του μαθήματος είναι οι φοιτητές να ασχοληθούν με τον υπολογισμό, την αποθήκευση, την ανάλυση, την γραφική αναπαράσταση, την προσομοίωση/μοντελοποίηση των βιολογικών πληροφοριών.

Προαπαιτούμενα:

-

Μέθοδοι Διδασκαλίας:

2 ώρες διδασκαλία και 2 ώρες εργαστηριακές ασκήσεις

Αξιολόγηση:

60% από τη γραπτή εξέταση θεωρίας, 20% από την πρακτική εξέταση εργαστηρίων, 20% από εργασία εξάμηνου

Βιβλιογραφία:
  • Σοφία Κοσσιδά, ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΝΕΩΝ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΩΝ ΜΟΝ. ΕΠΕ, 2009.
  • NEIL C. JONES, PAVEL A. PEVZNER, ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΟΥΣ ΑΛΓΟΡΙΘΜΟΥΣ ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗΣ, ΕΚΔΟΣΕΙΣ ΚΛΕΙΔΑΡΙΘΜΟΣ, 2010.
Διδάσκων: Αγγελίδης Παντελής